Marcilly en Gault fut fondée vers le milieu du premier siècle par Marcellus, dignitaire Romain. Une cen-taine d’années après le passage de Jules César à Neung sur Beuvron, le village portait le nom de « Marcilliaco ». Le qualificatif de « Gault » vient du celtique; il signifie » lieu humide et marécageux couvert de bois « .
Au VII ème siècle, Marcilly se distingua par la création d’un atelier frappant de la petite monnaie d’or dont plusieurs musées gardent encore la trace.
Au Xème siècle, apparaît la suzeraineté de la Ferté Imbault. Ce fief s’étendait alors sur la Ferté, Salbris, Souesmes, Nançay, Theillay, Marcilly, Saint-Viâtre soit plus de 50 000 hectares.
C’est au XI ème siècle que fût construite l’église dépendant du chapitre de Saint Thaurin. Dans l’église, on peut voir une statue en pierre polychrome représentant Saint Martin, patron de commune partageant son manteau.
Sous la protection du château de la Ferté Imbault, le bourg se développe rapidement. En effet, la Ferté comprenait alors des moulins, des tanneries, des corroieries, des forges, des fabriques de drap et de parchemin. Ces activités et le commerce qui en découlait touchaient de près Marcilly qui comptait de nombreux tisserands.
Mais, ce sont les comtes de Blois-Chatillon qui vont marquer de leur emprise une région qu’ils choisirent comme domaine de chasse. En 1288, il suffisait de résider dans les limites du gruage de Bruadan pour avoir droit de chasse au petit gibier, à l’exception des hérons et des faisans considérés comme nobles parce que chassés au faucon.
Au XIV ème siècle, de nombreuses alliances devaient marquer les familles de la couronne de France et celles du comté de Blois. Marcilly appartient alors à l’histoire de cette région très pauvre, la Sologne qui ne fut guère mise en valeur qu’au milieu du XIX ème siècle, quand Napoléon III fit l’acquisition d’une propriété à Lamotte Beuvron.